As atividades da Fitopatologia estão associadas com a origem da UFRRJ, autarquia federal ligada ao Ministério da Educação e Cultura (MEC), desde a instalação de sua sede, em 1911, no palácio do Duque de Saxe, onde hoje está o CEFET/ MEC, no Maracanã, e em 1913, com o funcionamento por dois anos de seu campo de experimentação e prática agrícola em Deodoro.
Em março de 1916 fundiu-se à Escola Agrícola da Bahia e à Escola Média Teórico-Prática de Pinheiro, onde hoje estão instalados o Campus de Pinheiral e a Escola Agrotécnica Nilo Peçanha.
Em 1918, a Escola foi transferida para a Alameda São Boaventura, em Niterói (Rio de Janeiro), onde funciona hoje o Horto Botânico do Estado do Rio de Janeiro.
Em 1927, a Escola mudou-se para a Praia Vermelha, no Rio de Janeiro.
Em 1934, o Decreto 23.857 transformou os cursos existentes na Escola Nacional de Agronomia, Escola Nacional de Medicina Veterinária e Escola Nacional de Química que foram transferidos para Seropédica (Rio de Janeiro).
Em 1970, através de Portaria do Magnífico Reitor, Professor Hélio Saul Barreto, foi elaborada a criação de nove Institutos para melhor coordenar as atividades de Ensino, Pesquisa e Extensão, ocasião em que foi criado o Instituto de Biologia (IB).
Através da Portaria nº 135, de 17/07/1970, do Magnífico Reitor foi designado o Professor Adjunto José Lobão Guimarães como Coordenador do referido Instituto até que fosse feita a eleição pelos docentes, indicando o futuro Diretor.
Por Decreto do Exmo. Sr. Presidente da República, publicado no Diário Oficial da União de 02/07/1971, para cumprir um mandato de quatro anos, foi nomeado o Professor acima citado.
Em 1974, foi aprovado o Estatuto e Regimento Geral da UFRRJ (Diário Ofícial da União de 02/12/1974), sendo criadas, legalmente, as Unidades Universitárias (Institutos), e Subunidades de Ensino (Departamentos com suas Áreas Didáticas).
O Instituto de Biologia era composto de quatro Departamentos: Departamento de Biologia Animal (D.B.A.), Departamento de Biologia Vegetal (D.B.V.), Departamento de Ciências Fisiológicas (D.C.F.) e Departamento de Genética (D.G.).
O Diretor subdividiu-os em Áreas Didáticas que passariam a tratar de assuntos específicos e reuniriam as disciplinas correlatas.
No D.B.V., foram criadas as Áreas de Botânica, Entomologia, Fitopatologia e Microbiologia.
Em 1991, a Área de Microbiologia transferiu-se para o Instituto de Veterinária para formar o Departamento de Microbiologia e Imunologia.
Em 1995, foi constituído o Departamento de Botânica, no âmbito do Instituto de Biologia.
Em maio de 1997, o nome do Departamento de Biologia Vegetal foi mudado para Departamento de Entomologia e Fitopatologia (D.E.F.) sendo constituído pelas Áreas Didáticas de Entomologia e de Fitopatologia.
Em 18 de fevereiro de 2003 foi aprovado, pelo Departamento de Entomologia e Fitopatologia, a criação de Curso de Pós-graduação em Fitossanidade e Biotecnologia Aplicada (PFBA) à nível de Mestrado sendo, o mesmo aprovado pelo CEPE em 06 de junho de 2005 e iniciado em março de 2006.
A Área de Entomologia (Departamento de Entomologia e Fitopatologia/ Instituto de Biologia/ UFRRJ) foi, efetivamente, iniciada em 1935 através da participação dos docentes: Angelo Moreira da Costa Lima, José Aguiar Guimarães, Cincinnato Rory Gonçalves. Atualmente, Área de Entomologia se divide em quatro setores: Centro de Biologia de Insetos, Centro Integrado de Manejo de Pragas "Cincinnato Rory Gonçalves", Centro de Taxonomia de Insetos e, Núcleo de Estudos e Controle de Pragas Urbanas e Agrícolas. Tal área agrega hoje uma das maiores coleções entomológicas (Coleção Científica Entomológica "Angelo Moreira da Costa Lima") do País com mais de 100.000 exemplares.
A Área de Fitopatologia (Departamento de Entomologia e Fitopatologia/ Instituto de Biologia/ UFRRJ) foi, efetivamente, iniciada em 1934 através do Dr. Heitor Vinicius da Silveira Grillo que além de participar do desenvolvimento da Fitopatologia nacional foi o idealizador, em 1936, da primeira reunião dos Fitopatologistas do Brasil embora o Herbário Fitopatológico pertencente a este setor remonte a data de 1916. Dentro do acervo da Área de Fitopatologia do Departamento de Entomologia e Fitopatologia, do Instituto de Biologia da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, além de uma extensa lista de obras bibliográficas de valor inestimável, como o Selecta Fungorum Carpologia e o Sylloge Fungorum, contamos com o Herbário Fitopatológico "Verlande Duarte Silveira" (sigla UFRJ cadastrado nos Herbários Brasileiros, no Index Herbariorum e na Rede Fluminense de Herbários), que é tido como um dos dez mais antigos do país, tendo se iniciado em 1916 na antiga Escola Nacional de Agronomia que conta hoje com um acervo estimado de 30.000 exemplares. Aliado a isto, contamos com uma Coleção Científica de Fitopatógenos (bactérias, espiroplasmas, fitoplasmas, fungos, nematóides, protozoários, viroídes, vírus) oriundos de diferentes culturas.
Em 1997, a UFRRJ recebeu o Certificado de Qualidade em Biossegurança (D.O.U. Nº 91, Seção 3, de 15 de maio de 97, páginas 10428-10429) do MCT/ CTNBIO (www.ctnbio.gov.br) extensivo ao Laboratório de Virologia Vegetal e Viróides vinculado a área de Fitopatologia para desenvolver pesquisa em regime de contenção com plantas e microrganismos do Grupo I.
Em 2001, o Laboratório de Virologia Vegetal e Viróides passou a integrar a rede de laboratórios associado ao projeto RIOGENE (http://www.riogene.lncc.br) (http://www.bionotes.com.br).
Em 2001, o Laboratório de Virologia de Vegetal e Viróides (Área de Fitopatologia/ DEF/ IB/ UFRRJ) foi credenciado pelo Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento para análise de fungos, nematóides, procariotos, vírus e viróides em produtos de origem vegetal e expedir laudo de diagnóstico fitossanitário (Portaria Nº 17, de 16 de julho de 2001 publicada no D.O.U. N° 143-E, Seção 1, de 25 de julho de 2001, página 39).
Posteriormente, o Laboratório passou a ter autorização para expedir laudos oficiais de diagnóstico fitossanitário (um dos primeiros a nível nacional - Portaria nº 40, de 12 de dezembro de 2001, publicada no D.O.U. N° 246, Seção 1, de 28 de dezembro de 2001, página 72).
Em 2002, o Laboratório passou a ser denominado de Laboratório Oficial de Diagnóstico Fitossanitário da UFRRJ (Portaria nº 39, de 01 de outubro de 2002, publicada no D.O.U. nº 192, Seção 1, de 03 de outubro de 2002, página 9) (http://www.agricultura.gov.br/serviços/credenciamento/Laboratórios da Rede Vegetal/Diagnóstico Fitossanitário).
O Laboratório é credenciado junto ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento para análise de fungos, procariotos, nematóides, vírus e viróides em produtos de origem vegetal e expedir laudo oficial de diagnóstico fitossanitário (Portaria nº 39, de 01 de outubro de 2002, publicada no D.O.U. nº 192, Seção 1, de 03 de outubro de 2002, página 9) - http://www.agricultura.gov.br/serviços/credenciamento/Laboratórios da Rede Vegetal/Diagnóstico Fitossanitário.
O Laboratório está cadastrado na Rede Brasil de Tecnologia e na RedeBio/ FAO. O Laboratório tem recebido amostras oriundas das regiões: Nordeste (Estados do Ceará, de Pernambuco, do Rio Grande do Norte, de Sergipe), Norte (Estados do Amazonas, do Pará e de Tocantins), Sudeste (Estados de Minas Gerais, do Rio de Janeiro e de São Paulo) e Sul (Estado do Paraná, do Rio Grande do Sul e de Santa Catarina) do Brasil. Como também, o Laboratório tem recebido amostras (importadas) oriundas de diversos países: África do Sul, Alemanha, Argentina, Austrália, Canadá, Cazaquistão, Chile, China, Colômbia, Coréia do Sul, Dinamarca, Espanha, Estados Unidos, França, Guatemala, Holanda, Honduras, Indonésia, Israel, Itália, Japão, Peru, Singapura, Taiwan, Tailândia, Vietnã. Assim como, o Laboratório tem recebido amostras para fins de Exportação para diversos países.
O Laboratório tem gerado produtos e processos de origem biotecnológica como Antissoros e Sondas Moleculares, Linhagens e/ou cultivares resistentes a fitopatógenos, protótipos de kits diagnósticos, Elementos de Propagação Vegetativa e Sexuada indexada e certificada contra fitopatógenos e em andamento, projetos visando a obtenção de Plantas Transgênicas expressando resistência a vírus.
Hoje, o Departamento de Entomologia e Fitopatologia do Instituto de Biologia da UFRRJ é referência regional, nacional e internacional no campo da Fitossanidade e da Biotecnologia.
Entendendo desta forma que houve um amadurecimento completo dos representantes do Departamento no campo da Fitossanidade e da Biotecnologia e avaliando que a nível institucional e regional não existe proposta de programa com tais características passamos a propor a criação do referido Programa de Pós-graduação que formará pessoal qualificado e produzirá produtos e processos biotecnológicos de pronto uso na região de atuação, em nível nacional e internacional fortalecendo ainda mais o campo da Fitossanidade e da Biotecnologia no Estado e no País, assim como, promoverá a formação de uma rede fitossanitária e biotecnológica.
Trata-se, portanto, de uma proposta inovadora pois integra a formação fitossanitária com a geração de produtos e processos biotecnológicos evidenciando claramente a integração da Fitossanidade com a Biotecnologia. Áreas estas que atualmente se integram e se complementam, permitindo desta forma um enorme ganho na formação do profissional, pois preenchem a lacuna constantemente apontada por vários setores da sociedade (sejam Públicos ou Privados), ou seja, a falta de ligação entre a pesquisa, o mercado e a sociedade, visto que o profissional a ser formado não só terá conhecimento na área de Fitossanidade, mas também capacidade de gerar produtos ou processos biotecnológicos voltados para a Sociedade e estará mais bem preparado para ser aproveitado em instituições públicas como privadas.
Em fevereiro de 2008, o Programa de Pós-graduação em Fitossanidade e Biotecnologia Aplicada (PFBA) à convite da CAPES passou a fazer parte da Área de Biotecnologia, área esta recém-criada (segundo Portaria número 9, de 23 de janeiro de 2008, D.O.U. Número 18, Seção 1, de 25 de janeiro de 2008, pg.35) pela CAPES.
Desta forma o atual Programa de Pós-graduação em Fitossanidade e Biotecnologia Aplicada, segundo critérios para a Área de Biotecnologia (Trienal - 2007-2009) da CAPES, tem um PERFIL GERAL DE UM PROGRAMA DE EXCELÊNCIA